国土资源部要求全国国土资源主管部门对1999年1月1日到《决定》发布之日止发生的土地违法行为，尚未处理的，应当依法进行处理。其中，在土地市场治理整顿期间主动自查自纠且未造成严重后果的，可以依法从轻或者减轻处理；在土地市场治理整顿期间未能主动自查自纠或者顶风作案的，应当依法从重从严处理。《决定》下发后新发生的土地违法行为，必须依法从重从严处理。各地在对土地违法大案要案的查处过程中，对典型案件要公开调查、公开处理结果，充分发挥惩戒作用和警示作用。